Ekkehard Meffert wurde 1940 in Berlin geboren. Nach dem Besuch der Freien Waldorfschule studierte er Geologie, Geographie, Philosophie (mit einer Diplomarbeit über Nikolaus von Kues). Pädagogik, Politik und Geschichte.
Meffert habilitierte sich 1972 an der Hochschule Ruhr, lehrte ab 1973 als Professor für Geographie in Bonn und wechselte später nach Köln über.
Meffert ist u.a. Verfasser von Monographien über Nikolaus von Kues und Mathilde Scholl. Er leitet den anthroposophischen Mathilde-Scholl Zweig in Bonn.